事实上，男性存在19％的基因缺陷。由于某些遗传性条件也会导致男性不育症。缺陷的基因是可以继承的，这些突变会传给后代。
遗传因素会影响精子的产生和质量。男性不育症的主要因素是异常的基因调控精子的数量和质量。一些研究表明，大约有10％男性不育症是由于各种问题所引起。在一项研究中，不育症有7％或以上的因素是由于精液异常引起。
遗传性疾病也会影响到生育能力。例子包括以下几个方面：
* 囊性纤维化病人会阻碍输精管。
* 克氏综合症患者会携带两个X和一个Y染色体，这会损坏睾丸的曲细精管。
* Kartagener综合征，这是一种罕见的疾病。
* 多囊肾疾病，是一种比较常见的遗传性疾病，会导致肾脏器官囊肿，成年后，不育症会成为首发的症状。