感染衣原体如果不加以治疗会对身体造成严重的健康问题。它会导致眼睛和喉咙和直肠受到感染。长期感染会损伤女性的子宫和输卵管，感染衣原体的妇女，会增加骨盆腔发炎的风险。而且会影响到生育率。
在美国，有多达500000人感染衣原体。在这些病例中，其中有20万妇女发展成为不孕。感染衣原体的妇女发展宫外孕的风险较高。感染衣原体的男性增加了附睾炎的风险，而且有可能导致不育症。
衣原体会感染到新生儿。如果你正在怀孕，感染了衣原体，你的小孩也会受到感染。衣原体会增加感染艾滋病的风险。在罕见的情况下，衣原体会引Reiter综合征，这是一种疾病，特点是关节炎，尿道口和眼睛会受到感染。