急性期的最早症状为尿道口红肿、发痒及轻度肿痛，继而有稀薄粘液流出，引起排尿不适。24小时后症状加剧，红肿进展到齐备阴茎头及部分尿道，分泌物由稀薄转为深黄色的脓液，引起尿频、尿痛、排尿磨难、行径不便，阴茎常有痛性勃起。少数病例有微热及困倦症状。两侧腹股沟淋讨好可红肿疼痛，甚至化脓。
一周后，症状可逐步裁减，阴茎头和尿道口红肿消退，分泌物变为稀薄粘液或流逝。一个月后症状可幻灭，但是晨间尿道口尚有微量粘液或尿道口被粘着。
淋病在一定条件下会长期存在，成为慢性淋病，侵入深层腺体后，可能隐藏于疤痕组织中。