正情理况下尿液理当是无菌的，由于尿液不断的冲洗尿道使浸入的微生灵很难在泌尿道定居，而淋球菌简略在尿路上寄生，重与其由于淋球菌有菌毛，使得淋球菌对单层柱状上皮细胞和移行上皮细胞，如前尿道、子宫颈、后尿道、膀胱粘膜机敏，极便当绑缚在上述细胞之上。淋球菌在酸性尿中（pH<5.5）很快杀死，因而膀胱和肾脏不易被溃烂，而前列腺液含有精胺及锌，故可受淋球菌腐烂。
尿道及阴道内的寄生菌群对淋球菌的生长有一定的忍耐造用。这些菌群的存在给体内提供了一些大方斗争力。粘膜外观存在有乳铁蛋白，铁对淋球菌的长生繁殖是必需的，如境地中铁的浓度处于低水往年，则淋球菌的上升受限。淋球菌对识别细胞敏锐性差距，对前尿道粘膜的柱状上皮细胞最敏锐。因而前尿道最简略被腐烂，后尿道及膀胱粘膜由移行上皮组成，淋球菌对其敏锐性不及柱状细胞，因而被淋球菌感染的机遇比前尿道差。舟状窝粘膜由复层鳞状细胞组合，而多层鳞状上皮细胞不易被淋球菌所化脓。淋球菌依凭菌毛，蛋白Ⅱ和IgA分解酶快捷与尿道、宫颈上皮粘合。淋球菌外膜蛋白I转至尿道的上皮细胞膜，淋球菌即被柱状上皮细胞吞蚀，此后移动至细胞外粘膜下，通过其内毒素脂多糖，补体及IgM的协同作用，在该处产生炎症反应。30小时左右初衷引起粘膜的全面水肿粘连，并有脓性分泌物呈现，当排尿时，受粘连的尿道粘膜扩展，刺激片面神经产生疼痛。由于炎症反响及粘膜糜烂，陨落，造就典型的尿道脓性分泌物。由于炎症刺激尿道括约肌痉挛收缩，体现尿频、尿急。若同时有粘膜小血管分裂则发生终未血尿。细菌进来尿道腺体及隐窝后亦可由粘膜层侵入粘膜底层，梗塞腺管及窝的开口，造就部分的脓肿。在这个程序中，机体片面及全身引发抗体，机体对淋球菌的免疫表当今各个方面，宿主防守淋球菌的免疫重要依赖于IgG和IgM，而IgA也能在粘膜外部起防治感染作用。患淋球菌尿道炎的男性尿道分泌物常对化脓的淋球菌的抗体反响，即为粘膜抗体反应。这些抗体除了IgA外还有IgG和IgM，血清抗体反应方面，在淋球菌腐烂后，血清IgG、IgM和IgA能力增长，IgA为分泌性抗体，从粘膜表面进来血液，这些抗体对血清的抗体-补体介导的杀菌作用相当首要，它们对血清敏感菌株所致的淋球菌菌血症拥有呵护作用。普通炎症不会遣散到全身，若用药对症、足量、片面炎症会冉冉消退。炎症消退后，坏死粘膜修理，由鳞状上皮或结缔组织替代。严重或重复的溃烂，结缔组织纤维化，可产生尿道狭小。若不及时治疗，淋球菌可进去后尿道或宫颈，向上蔓延产生泌尿生殖道和旁边器官的炎症，如尿道旁腺炎、尿道球腺炎、前列腺炎、精囊炎、附睾炎、子宫内膜炎等。严重者可经血行流传至全身。淋球菌还可长时间隐匿在腺组织深部，成为慢性淋病反复发作的原由。这些被腐烂器官炎症消退后结缔组织纤维化可引发输精管、输卵管狭窄、梗阻，继发宫外孕和男性不育。