生殖器疱疹的症状不同。有些人的症状非常严重，而有些人只会有轻微的症状。生殖器疱疹主要通过性接触进行传染，症状一般在两个星期内出现，早期的症状包括：
* 生殖器或肛门区发痒或灼热
* 类似禽流感的症状，包括发烧等
* 腺体肿胀
* 双腿，屁股或外阴部疼痛
这种病毒进入人体几天以后会出现疮（病变），如口腔，阴茎或阴道。这种疮是红色的，几天以后会变成水泡和溃疡，然后痊愈没有任何疤痕。
生殖器疱疹后来的其他症状：
* 阴茎，阴道，或是其他地方开始出现疮。这些疮可能会成为水泡，四个星期以后会愈合。
* 生殖器痒或灼热
* 双腿，屁股或外阴部疼痛
* 头痛
* 肌肉疼痛
* 便溺疼痛
* 腺体外阴部肿胀
有些人可能不会出现任何症状，但疱疹仍然可以传播。有时疮非常缓和，人们普遍会认为是被为昆虫咬叮或其他皮肤问题。