生殖器疱疹是误诊率较高的疾病。有很多患者仅仅有一点轻微的包皮龟头炎，即被某些别中细心的所谓医生们诊断为生殖器疱疹，笔者就遇到数位这样的病人。有一些小门诊部受金钱的驱使，经常误导病号。下面举荐几个必要鉴别诊断的疾病。
(1)龟头包皮炎 初起潮红、糜烂，但很少发生水疱。可有渗液，包皮水肿不能上翻，有时有脓性分泌物。遵照分岐的病因可分为外伤性龟头炎、接触性龟头炎、感染性龟头炎、念珠菌性龟头炎、阿米巴性龟头炎、滴虫性龟头炎、浆细胞性龟头炎等。
(2)硬下疳 为硬性溃疡，边缘井然。
(3)淋病 淋病 也可出现龟头包皮炎，但首要展示为急性溃烂性尿道炎。
(4)固定红斑性药疹 常常由于口服磺胺类药物或止痛类药物引起。出现于阴部，有红肿，常破溃，糜烂，也有复发，要专心地查问病史。