对于生殖器疱疹的治疗，当前还有多数问题没有解决，治疗还不能贯彻清去病毒，禁止疾病的复发。当前治疗分如常性治疗、抗病毒治疗及中医中药治疗，这些治疗都是需要的。一般性治疗实情上是对症治疗，而抗病毒治疗是对因治疗，中医中药治疗多通行辨证施治，标本兼治，有效地阻止复发。
(1)平时疗法
①关键是保持片段光洁、大旱及疱壁肯定。可天天用等渗生理盐水清洗，疼痛者可口服止痛药，给予精神抚慰。
②并发细菌侵蚀者，可外用抗生素药膏。
③片段疼痛显眼者，可用5%盐酸利多卡因软膏或口服止痛药。
④精神安慰，说明复发的理由和如何治疗及处罚。
⑤女性复发性生殖器疱疹须作妇科检查以此外子宫颈癌。
(2)抗病毒药治疗
①无环鸟苷 被得悉是眼前最有效的抗HSV药物。病情严重者可静脉给药，剂量为每公斤体重5mg，每8小时1次，共5～7天。一般病人可口服，每次200mg，每天4～5次，共7～10天。
②三氮唑核苷 是一种鸟嘌呤核苷的仿佛物，有抗DNA和RNA病毒的作用，每日服800mg，共10天，能裁减疼痛和缩短病程。
③免疫刺激剂 口服左旋咪唑有一定的疗效，但有禀告效果不太断定，体外察觉干涉素对HSV有忍受作用，临床治疗作用尚在研究中。
(3)中医中药治疗 中医治疗主与其根据症状、体征，合并舌脉，普通将本病分为三型，即湿热下注、毒热蕴结、肾气浅薄，分别供给两种的治疗方针