孕妇患有生殖器疱疹，对胎儿可发生严重不良影响。如母体怀孕初期染有这种病毒后，病毒可经过胎盘入侵胎儿，引发胎儿病毒血症，形成胎儿畸形、胎儿宫内发育缓慢或死胎以及自发性流产等。如分娩时Ⅱ型疱疹病毒存在于产道，则路过产道播发可使40-60%的新生儿被感染，且症状常较严重，出现为泛发性水疱，散发于全身皮肤、口腔和上喘气道粘膜，甚至侵及中枢神经系统，以致引发高热、吸气难处和出血，造就60-70%患儿败谢。即令经治疗痊愈而幸存，也会有高达85%的婴儿有后遗症。
据研究证明，因在怀孕28周内，疱疹病毒对胎儿影响最大，故发觉后应停止妊娠。有生殖器疱疹病史的孕妇，在妊娠末期应举行Ⅱ型疱疹病毒培养，阳性者应做到剖腹产。