治疗生殖器疱疹，迄今还没有特效药物，也没有切忌复发的特效药。常用的治疗方法有：
1、药物治疗
首选药物叫无环鸟苷，此药可裁减全身症状和疼痛，缩短病程，一般口服即可，严重者可静脉注射；第2种药叫异丁苯丙酸，有抑止疱疹病毒的作用，口服用药；第3种药叫病毒唑，可精减症状；第4种药叫病毒灵(吗啉呱);第5种药叫阿糖胞苷。均可酌情录取。
2、免疫治疗
牛痘苗、卡介苗和小儿忽视糖丸，均可用作生殖器疱疹的免疫治疗，对减少复发有必将作用。也有的启用过问素、变动因子、胎盘球蛋白等，以直升机体免疫力。据报道，当前正在试制疱疹病毒疫苗，以预防和缩减复发。
3、部分治疗
目标是预防患处溃烂,保持患处整洁干燥。寻常用1：5000高锰酸钾坐浴或浸洗患处；也可用3%的双氧水溶液清洗患处；或用0.5%的阿糖胞苷溶液涂患处。有的启用无环鸟苷、疱疹净霜、复方新霉素膏、红霉素膏外用，均有一定效果。